Onde configuro as Alíquotas de Referência no sistema?

Acesse o menu: Cadastros > 4. Fiscais > 11. Alíquotas de Referência da Reforma Tributária.

Nessa tela você verá as alíquotas já cadastradas pelo sistema. Você não precisa criar novas alíquotas - elas são pré-cadastradas conforme a legislação. Você apenas vincula as alíquotas existentes às suas empresas através da aba lateral direita.