Consigo registrar um pagamento de entrada (sinal) ainda no orçamento?

Sim. Utilize a opção Antecipar Lançamento Financeiro.

Ela permite lançar o valor de entrada diretamente no financeiro, mesmo que o Pedido de Venda ainda não tenha sido emitido.

Dessa forma, o valor já aparece nos relatórios de contas a receber.